2006년 8월 당시 일본 총리였던 고이즈미가 야스쿠니 신사 참배를 마치고 당당히 걸어나와 한중 등 이웃국가들의 비난을 받았다.
아베 신조(安倍晋三) 일본 총리가 야스쿠니 신사를 미국의 알링턴 국립묘지에 비유하고 야스쿠니 신사를 참배하는 것은 당연하다고 주장했다.
아베 총리는 미국의 격월간 외교전문지 포린어페어스와 최근 가진 인터뷰에서 "야스쿠니 신사를 참배하는 것을, 미국이 알링턴 국립묘지에 묻힌 전사자들에게 경의를 표하는 것으로 생각해달라"며 "미국 대통령이 그곳에 가듯 일본 총리로서 나도 (야스쿠니 신사를) 방문하는 것"이라고 말했다.
아베는 인터뷰에서 "일본의 지도자라면 나라를 위해 목숨 바친 사람들을 위해 기도하는 것이 당연하다"며 "이는 세계의 다른 지도자들이 하는 것과 다르지 않다"고 주장했다. 아베는 "알링턴 국립묘지 참배가 그곳에 (남북전쟁 당시 노예제를 지지한) 남부연맹군이 묻혀 있다고 해서 노예제를 용인하는 것은 아니다"라고 한 케빈 독 조지타운대 교수의 발언을 인용해 "일본도 야스쿠니 신사에 동일한 주장을 할 수 있다"고 말했다. 아베는 자신의 과거사 발언 논란에 대해 "나는 역사 문제를 제기한 적이 없으며 의원들의 질문에 답변만 했을 뿐"이라면서 언론 보도에 책임을 돌렸다.
야스쿠니 신사(靖國神社 정국신사)는 일본 도쿄 도 지요다 구에 있는 신사로, 일본 국왕을 위해 싸우다 목숨을 잃은 사람들을 신으로 모시고 제사를 지내는 곳이다. 1869년(메이지 2년), 군 희생자의 넋을 달래기 위해 설립한 도쿄 초혼사(招魂社)가 그 전신이다. 야스쿠니는 ‘나라를 안정케 한다’는 뜻이다. 전쟁에서 목숨을 잃은 246만6천532명의 합사 명부가 봉안돼있다. 전사자 유골이나 위패는 없다.
보신 전쟁, 세이난 전쟁, 러일 전쟁, 제1차 세계 대전, 제2차 세계 대전의 병사 이외에 전쟁 지도자이며 전쟁 책임자인 도조 히데키 등의 A급 전범이 안치되어 있어서 야스쿠니신사참배는, 과거 전쟁을 미화시키는 것으로 비춰지고 있기 때문에 대한민국이나 중국 등의 아시아 여러 나라는 야스쿠니 신사와 그곳에 참배하는 정치인 등을 비난하고 있다.
일본 안에서도 야스쿠니신사는 일본 국민들의 진정한 추도시설이 아니라는 반응이다.
그 이유로 야스쿠니신사에 지난 30년간 일본 천황이 참배하지 않았고, 외국 지도자가 방일했을 때 야스쿠니신사를 참배하는 관례가 없었으며, 메이지유신(19세기후반)이후 2차대전이 끝날 때까지의 전사자는 모셔져 있지만 2차대전 이후 60년 동안 일본 국사를 위해 희생된 사람들은 모셔져 있지 않기 때문이다. 따라서 야스쿠니신사를 일본국립묘지라는 개념은 성립하지 않고 이에따라 일본 총리가 매년 야스쿠니신사를 참배하는 것은 합당하지 않다는 주장이다.